Yudo Margono lahir di Desa Garon Balerejo Madiun Jawa Timur pada tanggal 26 November 1965. Dia Mengenyam pendidikan dasar di SDN 02 Garon dan menamatkan Sekolah Menengah Atas di SMA Negeri 1 Mejayan.
Yudo Margono merupakan anak petani yang kemudian merantau ke Surabaya.
Yudo Margono memiliki istri bernama Veronica Yulis Prihayati serta anak bernama Novendi Wira Yoga, Ditya Wira Adibrata, dan Noval Wira Abiyuda.
Karier Yudo semakin melambung hal tersebut terbukti saat dia diberi kepercayaan untuk menjalankan tugas Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364 serta Palaksa KRI Fatahillah 361.
Kemudian dia juga dipercaya untuk menjalankan tugas sebagai komandan KRI Pandrong 801, KRI Sutanto 877, dan KRI Ahmad Yani 351. Yudo dipercaya juga untuk mengemban tugas Komandan Lanal Tual pada 2004-2008.
Pada tahun 2008-2010, Yudo bertugas sebagai Komandan Lanal Sorong. Pada tahun 2010-2011, Yudo terpilih menjadi Komandan Satkat Koarmatim. Pada tahun 2011-2012, ia menjabat Satkor Koarmatim. Tahun 2012-2014, Yudo terpilih sebagai Komandan Kolat Armabar.
